Durante los años en que Enrique IV, rey de Castilla y León, guerreaba contra su medio hermano Alfonso el Inocente por la corona castellana, el monarca promulgó una Cédula Real, fechada el 2 de diciembre de 1467, en la que ordenaba la creación de 150 cecas con capacidad de acuñar moneda, entre ellas una situada en la villa de Madrid, con Fernando de Pareja, como Tesorero Mayor de la misma. Poco duró aquella ceca, ya que el propio rey revocó su orden en 1473, cesando la producción de moneda en la villa, al igual que en muchas de las 150 villas a las que otorgó aquel privilegio. El lugar en que se instaló aquella ceca temprana, cuya marca era la M coronada que todavía identifica las monedas acuñadas en Madrid, es una incógnita, aunque es más que probable que se ubicase dentro del reducido recinto amurallado de la villa.
Siglos más tarde Felipe II instala la corte en Madrid, tomando la decisión de instalar una ceca en la villa. Para ello prueba un sistema de molinos junto al río Manzanares, pero su escaso cauce no tenía la fuerza necesaria para mover los motores hidráulicos que acuñarían las monedas. Tras este fracaso, Felipe II optó por llevarse la ceca de molino a Segovia, encargando a Juan de Herrera la construcción del Real Ingenio, junto al río Eresma. El soberano no se rindió, realizando un nuevo intento en 1591, esta vez con un sistema llamado ingenio de tijera, inventado por Miguel de la Cerda: Tras una inversión de más de 100.000 maravedíes, el nuevo sistema también acabó siendo un fracaso. Aquella ceca experimental se instaló en la casa del escultor y orfebre italiano Giacomo de Trezzo, conocido como Jacometrezo, fallecido en 1589. Las razones por la que el rey prudente eligió aquel edificio son claras. Por un lado, tenía un taller adecuado para su uso como ceca, dado el oficio de su antiguo inquilino. Por otro, la casa era propiedad del rey, por lo que podía disponer de ella a su antojo.
En 1611 se hicieron pruebas de acuñación en la casa de Jacometrezo. Diego de Astor Diego, tallador del Ingenio de Segovia, sostenía que era posible hacer a martillo las monedas más perfectas y redondas, con el cerco que evitaría el cercén. Francisco Bautista Veintín y un capataz de la Casa de Moneda de Sevilla, Francisco Hernández de Torregrosa, consideraban que había muchas dificultades en labrar las monedas tan perfectamente redondas y con cerco. En la prueba se labraron unos 600 marcos de plata. Finalmente se llegó a la conclusión de que la causa fundamental de que la moneda era tan imperfecta era la rapidez con que se quería hacer.
No tendría Madrid su ceca definitiva hasta el siglo XVII. El 18 de febrero de 1614, Felipe III otorgó el privilegio de fabricar moneda a Cristóbal Gómez de Sandoval y de la Cerda, duque de Uceda e hijo del todopoderoso valido del monarca, el duque de Lerma. El aristócrata adquirió el cargo de Tesorero Mayor, con carácter hereditario. Para ubicar los nuevos servicios, se utilizó un edificio existente en la calle de Segovia, adquirido a la Congregación de Plateros de San Eloy, entonces conocida como calle de la Puente Segoviana, a escasos metros de la famosa Casa del Pastor, en el que se instalaron los talleres, en los que se acuñaría a martillo. El 3 de abril de 1615 se puso en funcionamiento la nueva Casa de la Moneda madrileña, con la acuñación de monedas de 2 escudos de oro y 4 reales de plata. Mientras, el propio duque de Uceda ordenó la construcción de un segundo edificio, destinado a albergar las dependencias administrativas.
En mayo de 1662, reinando Felipe IV, se construyen los molinos de plata, instalados en las proximidades de la Puerta de Alcalá, en la que funcionaron un total de doce molinos, se acuñaba moneda de vellón, para la que empleaba una aleación de plata y cobre. Esta nueva instalación, creada con el propósito de combatir el alto número de monedas falsificadas en circulación tuvo una vida muy breve, cesando su actividad el 15 de octubre de 1664, siendo desmantelados a continuación.
Al coincidir dos casas de moneda en Madrid en el reinado de Felipe IV, cada una tenía su propia marca de ceca. La de la calle Puente Segoviana marcaba con MD enlazadas y la de la Puerta de Alcalá con M sola.
Al comienzo del siglo XVIII convivían varias cecas o casas de moneda estatales con otras privadas. Con el advenimiento de la dinastía borbónica, que llevó a cabo importantes reformas, la Ceca de Madrid pasó a manos del Rey en 1718. Felipe V abolió las privadas y sometió a las estatales Madrid, Barcelona, Sevilla, Pamplona, Segovia, Jubia, y hasta Manila, en Filipinas a un régimen de total dependencia.
En el siglo XVIII, la Casa de Moneda de Madrid vive un período de esplendor que alcanza su momento cumbre durante el reinado de Carlos III con la figura de Tomás Francisco Prieto, Grabador General de las Casas de Moneda de S. M. el Rey y fundador de la Escuela de Grabado, donde se formaban los artistas que, posteriormente, ejercían su oficio en las diferentes Casas de Moneda de España e Indias. Por esa época se intentó trasladar la ceca madrileña a unas casas, posesión del conde de Oropesa, en la plaza de Santo Domingo.
Durante la Guerra de la Independencia (entre 1808 y 1814) , la Casa de la Moneda se vio obligada a suspender sus actividades, trasladando la producción monetaria a Cádiz, regresando a su sede madrileña al terminar la contienda. Años más tarde, en 1823, la entrada de los Cien Mil Hijos de San Luis provocó que la acuñación de moneda conociera otro breve exilio en Cádiz.
Con los años la casa de la moneda ubicada en la calle segovia se había convertido en un edificio descuidado y casi ruinoso. Desde 1833 van surgiendo propuestas para construir un nuevo edificio industrial. Cuando tuvieron que incorporar la primera prensa llamada Thonnelier, una máquina bastante grande, muy moderna y necesaria, vieron que no cabía en aquellas instalaciones, así que tuvieron que buscar una ubicación más apropiada.
La nueva Casa de la Moneda se inició en 1856 siendo el director de las obras Francisco Jareño. Ubicado en la actual plaza de Colón, estuvo compartido desde el principio con la Fábrica del Sello, cuyos orígenes hay que buscarlos hacia 1636, fecha en la que Felipe IV creaba un nuevo impuesto con la obligación de redactar los contratos y escrituras en pliegos de papel sellado que garantizaba su autenticidad. El edificio fue inaugurado en 1861 por Isabel II. El 17 de febrero de 1861 se trasladaron al nuevo edificio. En 1868, tras la implantación de la peseta como moneda de curso legal, se centralizó en este edificio la fabricación de dinero, cesando su actividad el resto de cecas españolas.
Ambas instituciones, Casa de Moneda y Fábrica del Sello, fueron independientes hasta 1893, fecha en que la Reina regente, María Cristina, las fusiona bajo la denominación de Fábrica Nacional de Moneda y Timbre. La nueva institución asume las competencias de sus predecesoras y, desde entonces, viene realizando una relevante labor de servicio a la sociedad española. Gracias a las sinergias generadas con la unión ha culminado con éxito cuantos desafíos le han sido planteados a lo largo de su historia.
Debido a la dificultad en el abastecimiento de billetes de banco ocasionado por la Segunda Guerra Mundial, en 1940, el Gobierno autoriza a la FNMT a imprimir billetes de banco y, en 1941, otorga a la FNMT preferencia sobre otros impresores nacionales o extranjeros en la elaboración de billetes. La primera emisión salida de sus talleres lleva fecha de 21 de octubre de 1940. Para resolver totalmente la dependencia de proveedores extranjeros se decide crear una fábrica de papel de seguridad en Burgos, cuyas obras se iniciaban en 1944 y la primera banda de papel con marca de agua se fabricaba en 1952.
La Casa de la Moneda de Colón fue toda una institución. Pero el progreso quiso que también llegara el día en que este edificio resultara pequeño y anticuado. La adquisición de nuevas competencias y la obsolescencia de las instalaciones aconsejaban el traslado a un nuevo edificio.
La actual Casa de la Moneda, cuya construcción se prolongó durante dos décadas debido a diferentes dificultades, se trata de la nueva Real Casa de la Moneda (Fábrica Nacional de Moneda y Timbre), situada en la madrileña calle de Jorge Juan nº 106. En 1963, el edificio estaba totalmente terminado y era inaugurado el 11 de julio de 1964.
Las nuevas instalaciones y el prestigio de la institución permitieron que le fueran confiados nuevos trabajos como el Pasaporte y el DNI. Además, se desarrollan otras gamas de labores como los juegos del Estado: Lotería Nacional, Boletos de Apuestas y Bingo.
La mayor presencia de España en diferentes estructuras internacionales, especialmente la adhesión en 1986 a la Comunidad Económica Europea, abre un período en el que hay que adaptar documentos como el pasaporte, carnet de conducir y, más tarde, los tacógrafos de transporte a los requerimientos de la autoridad europea. Labor en la que la FNMT, en colaboración con los organismos correspondientes, ha jugado y juega un papel destacado.
En 1987, y con el fin de inmortalizar los acontecimientos que se avecinaban en 1992 Olimpiadas de Barcelona, Quinto Centenario del Descubrimiento de América y Exposición Universal de Sevilla, se crea el taller de Acuñaciones Especiales, que en sus 27 años de existencia ha fabricado más de 400 monedas diferentes agrupadas en más de 100 colecciones, que han inmortalizado los acontecimientos más relevantes.
Pero las iniciativas de la FNMT no se limitan a sus productos tradicionales, su capacidad de innovación y visión de futuro la convierten en pionera en productos vinculados a las nuevas tecnologías. En 1991 inicia la fabricación de tarjetas con chip, un producto con un amplísimo rango de aplicaciones. Mediada esa década, consciente del rápido desarrollo Internet y su potencial como medio para realizar gestiones con las administraciones públicas, intuye la necesidad de que estas transacciones realizadas electrónicamente, para que tengan la misma validez legal que os documentos de papel, deben contar con las mismas garantías que estos, es decir, deben ser realizadas con la máxima seguridad. Comienza así el proyecto de Certificación Electrónica Española (CERES), que en mayo de 1996 ve finalizado el Estudio de Viabilidad y, en 1999, la Agencia Estatal de Administración Tributaria permite por primera vez el uso de la certificación electrónica en la campaña de la renta.
El euro supuso un gran desafío, además de realizar importantes inversiones y adaptar la tecnología existente a las características de las nuevas monedas y billetes, hubo que hacer frente a un gran volumen de producción y simultanear, durante algún tiempo, la fabricación de las dos divisas: pesetas y euros. También fue un reto desde el punto de vista logístico y de seguridad. Primero con la distribución de la nueva divisa billetes y monedas y luego con la operación inversa de retirada de los antiguos billetes y monedas que comenzó el mismo día 1 de enero de 2002.